Le Lycée Antoine de Saint-Exupéry est établissement bilingue et biculturel. Sur le plan pédagogique, il dépend à la fois du ministère français de l'éducation nationale et du ministère chilien de l'éducation (MINEDUC). En conséquence s'impose le respect d'un certain nombre de règles de fonctionnement pédagogique françaises et chiliennes.

Les réglements portent essentiellement sur les disciplines enseignées, leur langue d'enseignement, leurs horaires, les évaluations, les notes et le pourcentage de présence en cours.

Conformément au contrôle pédagogique de l'établissement par le ministère français de l'éducation, les mathématiques, sciences physiques, chimie, sciences de la vie et de la terre, histoire géographie et philosophie sont enseignées en français.

De même, conformément aux programmes homologués par le ministère chilien de l'éducation, l'EPS, les arts et l'histoire nationale du Chili sont enseignées en espagnol. Deux LV1 sont enseignées : anglais et espagnol.

Le cursus des études peut mener soit au baccalauréat général français, en suivant le même programme qu'en France, soit à la PSU (Prueba de seleción universitaria), l'examen chilien d'entrée à l'université, soit aux deux. Le choix s'effectue en fin de seconde (segundo medio). Les élèves n'ayant pas la nationalité française, par ailleurs, peuvent se présenter au DELF B2, examen validant leur niveau linguistique en français.

Premier cycle : collège
Il se déroule sur les 4 années correspondant aux classes de collège de 6ème à 3ème (6º básico à 1º medio chilien).
À la fin de la 3ème les élèves passent le DNB (Diplôme National du Brevet) et le B2i.
 

Deuxième cycle : Lycée

- SECONDE Générale
 

-  PREMIÈRE
* Première voie chilienne
* Première française (voie bac) . Trois séries: L, ES et S .

-  TERMINALE
* Terminale voie chilienne
* Terminale française (voie bac) . Trois séries: L, ES et S .